Yoshimura er den anden søn af Toshiji Yoshimura. Toshiji (1891-1975) var verdens fineste bonsaimester og en af de bedste inden for området.suiseki(en traditionel genre inden for japansk kunst - en komposition af natursten) i Japan. Han er også medstifter af Bonsai Society of Japan. Tojis far var samurai og en berømt havedesigner. I april 1952 begyndte den 31-årige Yoshimura, med støtte fra den tyske landbrugsdiplomat Alfred Cohen, at undervise i bonsai-kunsten for udlændinge i Tokyo. Yoshimura var uenig i den etablerede opfattelse af, at europæere ikke kunne forstå, værdsætte og teknisk mestre bonsai. Hans kurser vandt hurtigt popularitet, og inden for tre år havde han uddannet mere end 600 mennesker. Blandt dem var hovedsageligt udenlandske gartnere, militærpersonale og forretningsmænd med deres koner.
Yuji Yoshimura var den første til at gruppere de forskelligebonsai-stilarteri fem hovedkategorier. Han systematiserede også den information, der tidligere var blevet givet mundtligt videre, fra lærer til elev. Med hjælp fra sin engelskstuderende, Jovan M. Alford, arbejdede Yoshimura på at oversætte teksterne. Empirisk information om hundredvis af plantearter, der blev brugt til kompositioner, blev samlet i slutningen af bogen. I 1957 blev The Japanese Art of Miniature Trees and Landscapes udgivet af Charles E. Tuttle Co. i Rutland, Vermont og Tokyo. Selvom der var flere bøger om bonsai på engelsk på det tidspunkt, var dette den første, der gav dybdegående teori og praktiske eksempler. Enhver, der ønskede at lærebonsai-kunstI første halvdel af det tyvende århundrede var denne bog ivrigt ventet. Senere blev bogen kendt som "The Bonsai Bible in English" og blev udgivet i 37 udgaver.
I 1958 blev Yoshimura inviteret til Brooklyn af George Avery, direktør for Brooklyn Botanical Garden. Yuji kom til USA med mere end et ton undervisningsmateriale, og seks uger senere underviste han i sit første kursus i Brooklyn Botanical Garden, kaldet "The Theory and Practice of Bonsai". Dette succesfulde kursus var et af mange, som Yoshimura underviste i det år. Han forelæste på vestkysten og på Hawaii, før han vendte tilbage til Longwood Garden nær Philadelphia.
I 1962 tilbragte Yuji Yoshimura to måneder i Australien, hvor han havde en betydelig indflydelse på udviklingen af bonsai-kulturen. Den var trods alt lige ved at spire frem i Australien, og han hjalp unge lærere og elever.
I begyndelsen af 1963 grundlagde Yoshimura og nogle af hans elever Bonsai Society of New York. Tre år senere havde det 555 medlemmer, herunder 339 medlemmer i 31 stater og adskillige i udlandet.
I 1972 holdt Yoshimura foredrag, hvor han talte om en drøm om at skabe et sted, hvor amerikanske bonsai-entusiaster kunne donere eller placere deres planter, velvidende at deres træer ville blive passet på og nydt af besøgende i mange år. Den nyudnævnte direktør for US National Arboretum, Dr. John L. Critch, var en regelmæssig gæst i Ishimuras have i Tokyo i begyndelsen af 1950'erne.
Imponeret over ideen om den første bonsai-udstilling på US National Arboretum begyndte Dr. Critch at føre ideen ud i livet. Efter at have modtaget støtte fra regeringen begyndte han at søge hjælp hos mangeårige bekendte i bonsai-verdenen. Som følge heraf modtog Critch en gave på 53 bonsai og 6 suiseki, som blev de første i samlingen.National Bonsai Museum og Penjing.
Han brugte mange år på at sprede Yoshimuras filosofi over hele verden og frembragte fremragende bonsai-mestre.
I 1982 gennemførte Yoshimura en undervisningsturné i Indien. Samme år blev National Bonsai Foundation også etableret. John Nack, Yuji Ishimura og John L. Critch blev valgt som rådgivere for fonden.
National Bonsai Foundation oprettede Yuji Yoshimura Foundation for at bevare denne store mesters ånd og navn for fremtidige generationer.
Efter at have boet i Vesten i over 35 år, var Yoshimura vidne til udviklingen af bonsai-kunst i vestlig kultur og dens forskelle fra øst. Selvom de fleste af hans elever var fra USA, underviste han i klassisk bonsai til tusindvis af mennesker over hele verden. Yuji var uden tvivl en japansk bonsai-mester, der boede i mange år uden for sit hjemland, og han er det direkte bindeled mellem klassisk japansk bonsai og den progressive vestlige tilgang. Yoshimura har altid opfordret...brug af lokale planterog stilentusiaster over hele verden!
