Luonnossa kasvatettujen puiden bonsai-kasvatusmenetelmää kutsutaan nimellä "Yamadori". Tähän menetelmään sopivat parhaiten puut, jotka luonnollisten olosuhteiden, kuten ravinteiden puutteen, vuoksi ovat jääneet pieniksi.
Sopivin aika viedä tuleva bonsai luontoon on aikaisin keväällä, ennen kuin puu alkaa kasvaa aktiivisesti.
Puun kaivamisessa ja kotiin kuljettamisessa voi toki olla vaikeuksia, mutta se on sen arvoista, sillä sieltä löytyy yksilöitä, jotka sopivat erinomaisesti bonsai-materiaaliksi.

Kuinka kasvattaa bonsaita luonnosta otetuista puista
KÄYTÄNNÖN TAPAUS: Luonnosta otettu bonsai.
1. Kaiva varovasti puun ympäri ympyrää varoen vahingoittamasta sen juuristoa vakavasti.
2. Nosta puu varovasti ja aseta se kostealle liinalle. Kääri sitten juuri hyvin liinaan, jotta se ei kuivu.
3. Maa-ainesseoksen valmistamiseksi ota tarvittava määrä maata paikasta, josta kaivoit puun.
4. Ota tarvittavan kokoinen ruukku. Säiliön pohjalle (noin 1/4 tilavuudesta) laita sekoitus hienoa soraa ja "akadamaa" yhtä suurina osina (Lue artikkeli bonsai-kasvien multaseoksista).
5. Rullaa puun juuri varovasti auki ja aseta se ruukkuun. Täytä tyhjä tila multaseoksella, joka koostuu kerätystä mullasta ja "akadamasta" suhteessa yksi yhteen.
6. Kastele kasvi ohuella vesisuihkulla.
7. Istuta kasvi sopivaan ruukkuun ja kastele huolellisesti.
Istutuksen jälkeen aseta puu varjoisaan paikkaan ja jätä se rauhaan seuraavaan kevääseen asti.
Ensimmäisen kesän aikana voit lannoittaa kasvia hieman. Vuoden kuluttua istuta bonsai uudelleen ja aloita sen muotoilu.