Metoda gojenja bonsajev iz dreves, odvzetih v naravnih pogojih, se imenuje "Yamadori". Za to metodo so najbolj primerna tista drevesa, ki so zaradi nekaterih naravnih okoliščin, kot je pomanjkanje hranil, ostala majhna.
Najprimernejši čas za posaditev bodočega bonsaja v naravo je zgodnja pomlad, preden drevo začne aktivno rasti.
Seveda lahko pride do nekaterih težav pri izkopavanju drevesa in njegovem prevozu domov, vendar se splača, saj lahko najdete primerke, ki so idealni kot material za bonsaj.

Kako gojiti bonsaj iz dreves, vzetih iz narave
PRAKTIČEN PRIMER: Bonsaj, vzet iz narave.
1. Previdno kopljite okoli drevesa v krogu, pri čemer pazite, da ne poškodujete njegovega koreninskega sistema.
2. Drevo previdno dvignite in ga položite na vlažno krpo. Nato korenino dobro ovijte s krpo, da se ne izsuši.
3. Za pripravo mešanice zemlje vzemite potrebno količino zemlje z mesta, kjer ste izkopali drevo.
4. Vzemite lonec potrebne velikosti. Na dno posode (približno 1/4 prostornine) dajte mešanico drobnega gramoza in "akadame" v enakih razmerjih (Preberite članek o mešanicah zemlje za bonsaje).
5. Previdno odvijte korenino drevesa in jo postavite v lonec. Prazen prostor napolnite z mešanico zemlje, ki jo sestavljata zbrana zemlja in "akadama" v razmerju ena proti ena.
6. Rastlino zalivajte s tankim curkom vode.
7. Rastlino posadite v primeren lonec in jo temeljito zalijte.
Po sajenju drevesa ga postavite v senčno mesto in ga pustite pri miru do naslednje pomladi.
Prvo poletje lahko rastlino malo pognojite. Po enem letu bonsaj ponovno posadite in ga začnite oblikovati.